Eyyubiler, 1232 yılında
Hasankeyf’i. aldıklarında burayı mamur bir şehir olarak buldu1ar. Ancak i1k
etapta gerek siyasi gerek mimari açıdan atak olmadılar. 12601ı yı1larda
Moğo1ların bölgeyi harap etmesi Hasankeyf’i de etkiledi. İlk etapta Hülagu'nun
katına çıkan Eyyubi sultanı Takyeddin Abdullah (1249-1294) Hasankeyf’i harap
olmaktan kurtardı. Hükümdarın Eyyubi nes1inden geldiğini öğrenen . Hülagu ona
iltifat etmiş ve tüm ülkesini ona bağışlamıştır. .
1301 yılında Hülagu'nun yerine
geçen oğlu Gazan komutasındaki moğo11ar bölge ile beraber bu sefer Hasankeyf’i
de harap etti. Hasankeyf Moğol afetinden fazlası ile nasibini aldı. Moğol şokunu
üzerinden atan Eyyubiler Hasankeyf’i yeniden imar etmeğe başladılar. Bu gün
Hasankeyf’te mevcut birçok eserde imzası bulunan El Melik El Adil Sultan
Süleyman (1378-1432) zamanında bu imar faaliyetleri zirveye ulaştı. Hasankeyf,
Artuklu dönemindeki haşmetine yeniden kavuştu.
Bu sultandan sonra Hasankeyf’te
duraklama dönemi başladı. Hükümdarların iç çatışmaları, bölgedeki güçlü
devletlerin nüfuzu altında olmaları, hem onları hem Hasankeyf’i zor durumda
bıraktı. Akkoyunluların (1461-1482) Hasankeyf’e tamamen hakim olması Eyyubilerin
gücünü iyice kırdı. 1482 de burayı tekrar ele geçiren Eyyubiler bu sefer
Safeviler'in baskısı ile karşı karşıya kaldı.
Osmanlılar 1515 yılında bölgeyi
İdris-i Bitlisi'nin gayretleri ile ele geçirince, burası da Safavilerden
temizlenerek Osmanlı hakimiyetine geçti. Ancak mahal1i idare yine Eyyubilere
bırakıldı. Eyyubilerin bu zorluklarla beraber saltanat kavgası içine girmesi
sonlarını hazırladı. 1524 de son Eyyubi hükümdarı Melik Halil’in
saltanattan feragat etmesi ile Eyyubiler tarihe karıştı.